“改革开放前，敦煌研究所的职工，过着住土屋、喝咸水、点油灯的日子。没有卫生设备，物资匮乏、环境闭塞、荒无人烟。”在敦煌工作的很长一段时间里，樊锦诗与夫、子分为三处。面对现实问题，她也曾有所犹豫，但对于敦煌石窟的热爱与历史工作者的责任感让她留了下来，并为敦煌莫高窟的研究保护付出终生的努力。
2018年，樊锦诗被评为100位“改革先锋”之一；2019年国庆前夕，她成为42位国家勋章和荣誉称号获得者之一，是其中唯一的“文物保护杰出贡献者”，已经年过耄耋的老人说：“我是个大大咧咧的人，我对生活中的穿衣饮食都不在意，心中唯一的一件事就是敦煌石窟。能为敦煌做贡献，是我最大的喜悦、最大的安慰，我已年过八十，如果还能为敦煌石窟做点事，我将继续尽我微薄之力。”
在光明网对樊锦诗的专访中，她对当代青年人提出了自己的寄语：“年轻人选择方向，应该是国家需要和自己感兴趣的，这是最好的选择。做任何专业都要下真功夫，不怕苦，在我看来就是要坐冷板凳，面对单调枯燥的科研工作，只要你肯坚持，一定能有所得。”
